Die Regio-S-Bahnen
Der  Clou des Konzepts sind die Regio-S-Bahnen. Sie sollen im  Ein-Stunden-Takt von Augsburg, Landshut und Buchloe aus starten und auf  den Trassen der heutigen S3, S1 und S4 fahren. Bis zu den Haltestellen  Maisach, Geltendorf und Freising halten sie stadteinwärts an jedem  Bahnhof, danach werden sie zur Express-Bahn. So wird der S24X  genannte Zug (Start in Buchloe) nach Geltendorf nur noch in  Fürstenfeldbruck, Puchheim, Pasing und Laim halten, ehe er in den neuen  Tunnel abbiegt. Endhaltepunkt wird Leuchtenbergring sein. Anders die S23X  genannte Verbindung ab Augsburg: Der Zug soll in Maisach, Olching,  Gröbenzell, Pasing und Laim halten, dann geht es in die zweite Röhre.  Nach dem Ostbahnhof wird die S23X Richtung Flughafen abbiegen und  nonstop bis Besucherpark und Flughafen fahren. Sie ist also der schon  lange geforderte Flughafenexpress.
Ein dritter Regio-Zug, die S21X  ab Landshut, soll in Freising, Neufahrn, Unterschleißheim, Feldmoching  und Moosach halten. Nach der zweiten Röhre ist Endstation am  Leuchtenbergring.
Zusätzlich soll es die S18X  geben – Start in Herrsching, Haltestellen in Seefeld, Steinebach,  Weßling, Germering-Unterpfaffenhofen, Pasing, Laim, dann Weiterführung  im neuen Tunnel und Endhalt Leuchtenbergring. Auch die S1 wird als  Express mit wenigen Zwischenhalten bis Ebersberg weitergeführt.
Die  Express-S-Bahnen haben deutlich kürzere Fahrzeiten. Heute benötigt eine  Normal-S-Bahn von Herrsching zum Hauptbahnhof 50 Minuten. „Express“  sollen es 33 Minuten sein.